ATP熒光檢測儀可應用于食品細菌檢測，即檢測食品中的細菌數量，判斷食品的新鮮度和安全性，檢查食品衛生是否符合標準。被細菌污染的食物會讓消費者生病，使用ATP熒光檢測儀將快速檢測菌落總數，有利于食品安全衛生的檢測。

用生物發光技術測定細菌中三磷酸腺苷的含量。根據細菌中ATP含量與細菌數量成正比的原理，計算水中菌落總數，并與國標平板計數法進行對比，分析兩者之間的相關性，試驗結果與傳統國標方法有很好的相關性。

基于螢火蟲發光原理，ATP熒光檢測儀采用“熒光素酶-熒光素系統”快速檢測ATP。由于所有活細胞都含有恒定量的ATP，因此ATP含量可以清楚地指示樣品中微生物和其他生物殘留物的量，可用于判斷衛生狀況。儀器廣泛應用于食品、醫藥衛生、醫藥、日化、造紙、工業水處理、國防、環保、水政、海關出入境檢疫等執法部門。