微生物檢測儀專門用來檢測食品中的微生物，食品微生物污染會嚴重影響人們的身體健康，在許多地區因為沒有安全的儀器來處理人畜糞便和食物殘留物，這就為有害微生物、寄生蟲等提供了理想的繁殖場所。

利用食品微生物檢測儀在這種環境條件下尤其重要，垃圾和糞便不僅會直接傳染疾病，還會造成食物和飲水的污染，造成食物中多種致病微生物快速繁殖，造成各種食源性疾病的感染和泛濫。

很多食物引起的疾病，在損害人體消化、吸收能力的同時，還會引起代謝變化、營養消耗和生理障礙。單純的營養不良或食源性疾病并發，都會對人體造成嚴重傷害。對孩子而言，就會阻礙智力發展，還阻礙身體成長。對成年人而言，生產能力會嚴重下降，尤其在有缺鐵性貧血的情況下，尤其如此。

無論是從食物還是環境中產生的，營養不良也能嚴重破壞人體抵抗感染或毒素的能力，造成同樣的后果。判斷經由消化道感染所致疾病的程度，是一件很棘手的事，而且要判斷這些由食物引起的食源性疾病的比率，也更為困難。所以微生物檢測儀的應用很有必要，它可以一定程度上從源頭阻擋危害物進入人們的身體，從而保障人們的身體健康。